Direktivet bliver gennemført i 6-årige planperioder. Første planperiode blev gennemført i 2010-2015, anden planperiode i 2016-2021. Nuværende og tredje planperiode løber over perioden 2022-2027.
Hver planperiode består af tre plantrin:
- Plantrin: Vurdering og udpegning af områder, hvor der er en potentiel væsentlig risiko for oversvømmelse eller hvor en sådan må anses for sandsynlig.
- Plantrin: Udarbejdelse af kort over faren for oversvømmelse og kort over oversvømmelsesrisikoen i de udpegede risikoområder.
- Plantrin: Udarbejdelse af risikostyringsplaner for de udpegede risikoområder.
I første planperiode blev de tre plantrin gennemført for første gang. I de kommende planperioder skal dette arbejde revurderes og om nødvendigt ajourføres. En ændring i risikoområder kan derfor ske på baggrund af ændret oversvømmelsesrisiko, som altid vurderes nationalt i første plantrin.